1、高压差导致脱盐率下降
压差升高同时往往伴随着脱盐率快速下降。在正常的流量下，压差的上升通常是由于膜元件水流量通道的隔网进入杂质，污染物质和水垢引起的，导致产水流量的下降。
当超过设定的给水流量时，也会发生过大的压差，当启动时给水压力提升过快，发生水锤压差会很大，如果膜已经被污染，特别是微生物污染，压差也会增大。给水至浓水间的压差表示的是水力阻力，与给水的流速、温度有关，应该保持产水和浓水有一定的流速。出现高压差的可能性有：水垢、微生物污染、阻垢剂沉淀、过滤器过滤介质漏、给水/浓水密封损坏。
2、在线化学清洗不合理
超纯水设备在运行中是不可避免被污染。预处理和添加各种药剂只能将反渗透被污染的可能性降到最低，而不能彻底的杜绝。因此，长期运行的反渗透系统在经过一定时间的运行后，必须要充分论证和确认是哪一种污染物。针对聚酰胺膜的特点，可以根据相应的污垢选取适当的清洗剂：
a
盐酸(36%-38%)，配制成0.12%稀溶液，去除金属氧化物质。
b
氢氧化钠，配制成0.1%的稀溶液，去除二氧化硅、微生物膜、有机物等，pH约为12。作用是对有机微生物粘膜的水解破坏而剥离，对于二氧化硅胶体垢，形成的硅酸钠为可溶性，从而除垢。
c
乙二胺四乙酸四钠，作为螯合剂广泛应用于工业清洗，1%水溶液pH10.5-11.5，加入浓度0.5%-1%。
d
十二烷基磺酸钠，属阴离子表面活性剂，目的是分散在溶液中的有机化合物，可使溶液的表面张力降低，引起正吸附，这样可使溶液表面溶质分子的的浓度大于溶液内部溶质分子的浓度。十二烷基磺酸钠是反渗透清洗是最主要的表面活性剂，加入浓度为0.025%。
e
甲醛，甲醛对细菌、真菌、病毒、芽胞及原虫等皆有极强的杀灭力，加入浓度为0.5%-35。
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